Jak już wspomniano, pasożyty wewnętrzne dostają się do organizmu kota wraz z tym, co zjada lub oblizuje. Koty zazwyczaj są żywicielami pośrednimi tych pasożytów, a one wyniszczają ich organizm i powodują wiele chorób.
Koci tasiemiec
Do zarażenia się tasiemcem dochodzi zazwyczaj wtedy, kiedy kot zjada myszy, gady lub płazy. Także pchły i wszy mogą stanowić drogę pośrednią do zarażenia się tym pasożytem. Kolejnym źródłem zakażenia może być surowe mięso (np. wołowina). Tasiemczyca powoduje utrudnienia w trawieniu i wchłanianiu substancji odżywczych z pokarmu, podrażnienie błony śluzowej jelit (co naraża ją na działanie kolejnych czynników chorobotwórczych) i biegunki.
Tasiemiec dosłownie odbiera kociemu organizmowi ważne składniki pokarmowe, a to w konsekwencji prowadzi do wyniszczenia organizmu. Dodatkowo pasożyt zatruwa organizm kota szkodliwymi produktami przemiany materii. Tasiemiec składa się z członów, które kot wydala z kałem. Na sierści wokół odbytu i w okolicach krocza można więc często zauważyć białe, milimetrowe elementy (przypominają ziarnka ryżu) tego pasożyta, które przeniesione niechcący na rękach do ust człowieka także wywołają zakażenie.
Nicienie płucne
Koty atakowane mogą być przez nicienie płucne z gatunku zwanego Aelurostrongylus abstrusus. Ich obecność w organizmie objawia się kocią astmą, kaszlem, świszczącym oddechem i trudnościami w oddychaniu,kichaniem (szczególnie po posiłku). Nicienie atakujące koty przenoszone są przez ślimaki i pomrowy (charakterystyczne czarne długie mięczaki bez skorupy).
Koty rzadko je zjadają, częściej do zakażenia dochodzi poprzez zjedzenie innych zarażonych przez te mięczaki zwierząt (gryzonie lub ptaki). Wspomniane wyżej objawy powinny skłonić do wizyty u weterynarza, żeby ustalić, czy to pasożyty, czy objawy towarzyszące innym chorobom.
Glisty kocie
Glisty kocie, powodujące chorobę zwaną toksokarozą (zarazić się nią mogą także ludzie), bytują w jelicie cienkim kota. To pasożyty bardzo wyniszczające koci organizm. Zwierzak może się zarazić polując i spożywając zarażone gryzonie i ptaki albo obwąchując odchody innych kotów np. w kuwetach czy piaskownicach – jaja glisty pozostają w uśpieniu, a w glebie mogą przetrwać nawet przez całe lata. Szczególnie narażone na atak glist są kocięta, które zarażają się przez mleko matki, prezentując takie objawy jak wymioty, biegunka, zahamowanie wzrostu i zmatowienie futra.